En el año 1646, en una Alemania diezmada por la guerra, Krabat, un niño huérfano de 14 años, se convierte en el aprendiz de un molinero a cambio de cama y comida. El joven pronto se dará cuenta de que el molinero es un maestro de las artes oscuras. Fascinado por su magia y deseoso de pertenecer a algún sitio, Krabat acepta convertirse en un miembro de su sociedad secreta, pero tendrá que pagar un alto precio.